1789 : Mgr Jean Baptiste de Belloy bénit les couleurs de la garde nationale. Les drapeaux sont blancs, mais à l’un des angles est rapportée une petite étoffe tricolore.
1790 : Le peuple s’empare des principaux forts et il se souvient que la Major abrite, dans le jardin de la prévôté, une ancienne poudrière dans laquelle sont déposées des cartouches et de la poudre. Une fouille est faite et l’on trouve de très vieilles munitions. Et le peuple de dire que le chapitre voulait en faire usage. La Major est alors prise sous la sauvegarde du district et les ecclésiastiques s’en félicitent. L’évêque officie pour la dernière fois le 31 août, et quitte Marseille pour la Picardie. Son château, à Aubagne, est incendié. L’évêché est supprimé et réuni au siège constitutionnel et métropolitain de la Méditerranée.
1791 : Le 20 février, un nouvel évêque est élu : C.B. Roux, acclamé par le peuple « Qu’il vive et que Dieu le bénisse ». Il siège à Aix. Un décret de l’assemblée constituante donne un nouveau titre à la Major : Première paroisse sous le nom de Saint-Lazare.
1792 : Nouveau décret, et les cloches sont décrochées. Le 17 juin, celles de la Major sont enlevées. Elles sont fondues et transformées en canon. Le 23 octobre, c’est au tour des statues de subir le même sort.
1793 : Le 18 août, une procession générale est organisée (Marseille se différencie). La statue de Notre Dame de la Garde ainsi que les chasses de saint Lazare et saint Cannat parcourent la ville. Un orateur prend la parole et engage les Marseillais à la résistance. Le 25 du même mois, Cartaux qui était proche de Marseille avec 3000 hommes entre dans Marseille. La terreur est instaurée ! La décade remplace le dimanche ; mais des catholiques célèbrent encore la messe secrètement. Le 3 novembre, l’état ne reconnaît aucun culte. Le 20 novembre on enlève les chandeliers de cuivre, remplacés par d’autres en bois. Les balustrades suivent le même sort.
1794 : La vente des biens de l’église commence le 6 janvier. La Major est la dernière à être fermée fin janvier. Le portail sud est muré, et le mobilier est enlevé à partir du 13 mars. Le 17 mars, les reliques sont remises au vicaire Leyton. Les autels en marbre et les boiseries sont vendus. Les statues de st Lazare, st Cannat, de la Vierge sont portées à la monnaie. Le père du vicaire général Reimonet est engagé et installe peu après un atelier de salaison dans la cathédrale. Dans le but de sauver de la destruction l’orgue, il l’achète au prix de 300 livres. Pour soustraire à la fureur des sans culottes l’autel de st Lazare et le bas relief en faïence, il les cache derrière des caisses. Le 20 mars toutes les églises ferment. L’évêque Mgr Charles Benoît Roux est guillotiné sur la Canebière le 5 avril.
1795 : La liberté des cultes est proclamée. Des chrétiens louent la Major pour restaurer le culte. Le 3 septembre, les reliques sont réintégrées.
1796 : La Major est fermée à nouveau, puis rouverte en juin, desservie par des prêtres constitutionnels. Le Jeudi Saint, grâce à la vente de petits pains bénis, on achète un buste de saint Lazare, en bois doré. On place le chef du saint au dessus du buste.
1797 : Des prêtres orthodoxes s’emparent de tous les édifices religieux, jusqu’au 4 septembre. Le 15 octobre, les églises constitutionnelles ferment à nouveau.
1798 : En mars, seules trois églises sont en fonction, La Major, les Augustins et Saint-Martin.
1800 : L’évêque, Mgr Jean-Baptiste Aubert donne la Confirmation à la Major. En mai, l’Abbé Vigne ouvre l’église des Carmes où il y transfère les reliques de la Major.
1801: L’évêque donne sa démission.
1802 : Les églises catholiques et constitutionnelles fonctionnent ensemble, jusqu’à l’arrivée du nouvel évêque, Mgr Champion de Cicé. Le 15 juillet, l’abbé Reimonet donne sa démission et va officier à l’église Saint-Martin qui devient église cathédrale. La Major est première succursale. L’abbé Jaubert en est le curé. Le 10 septembre, les cloches sont replacées dans le clocher des églises, et on les entend de nouveau.
1803 : Le 22 mars, l’abbé Jaubert est nommé curé de la Major. Il prête serment à Saint-Martin. Le 17 décembre, les cérémonies extérieures sont de nouveau autorisées. La Major est en très mauvais état. Le curé demande alors que la paroisse soit transférée à l’observance.
1805: La Vierge au bouquet, que Joseph Elie Escaramagne achète pour Notre-Dame-de-la-Garde, est déposée à la Major. Jusqu’en 1811, la Major est alors déserte.
1811 : Le nouvel évêque d’Aix, Jauffret, donne le sacrement de la confirmation à la Major. Le clocher est démoli car il menace de s’écrouler. Suite à cette démolition, le chœur se fissure. La Major est complètement délabrée. Des réparations sont faites : reconstruction d’un nouveau clocher ; consolidation des voûtes ; restauration de la façade ; transfert du maître autel de la vierge dans le chœur. Le dimanche 11 août celui-ci est consacré.
1818 : Une tablette de marbre, placée sur le portail méridional, est gravée : ECCLESIA SANCTA MARIE SEDIS ANTIQUE HAC SCRIPT ANN. DCC --- RESTITUTA AN. MDCCXVII.
1819-1820 : Nouveaux travaux.
1822 : Translation de la dépouille de Mgr Belsunce dans un tombeau en marbre.
1823 : Rétablissement du siège épiscopal. Mgr de Mazenod est nommé.
1852 : Le 26 septembre Louis Napoléon Bonaparte est en visite à Marseille. Il ordonne la reconstruction de la cathédrale de la Major.