La Major reçoit son premier orgue en 1615. Il est placé « entre les deux piliers et sous la voûte qui joint la tribune du chœur, tournant au derrière la chapelle Sainte-Cécile. ». L’instrument est construit aux frais de l’évêque Mgr Jacques Turicella. Mais quarante deux ans plus tard, il est remplacé par un nouvel orgue qui sera en service jusqu’à la démolition de la vieille Major en 1855.
Cet orgue, contemporain de Louis XIV, est placé au dessus de l’ancienne porte d’entrée, dans la grande nef dont il occupe tout le fond. Sur la frise on y lit : Soli Deo ; Carolus Royer Bruxellensis ; Anno 1657. Plus bas, dans les deux panneaux : J. Mathias Massiliensis ; Anno 1657. C’est presque tout ce que nous savons de cet orgue s’il n’y avait eu le dessin qu’en fit Henri Esperandieu au moment de la démolition.
Cet orgue magnifique subit de nombreuses réparations au cours des deux siècles de son existence à la Major.
En 1855, lors de la démolition, on pense pouvoir le récupérer pour l’installer dans la nouvelle cathédrale. Mais après un examen attentif, c’est impossible : le bois est en trop mauvais état. On décide ainsi de le vendre aux enchères. Le 7 juin, l’abbé Cailhol, grand vicaire en fait l’acquisition pour 1855 Frs. L’orgue est démonté et la partie en moins mauvais état est installée dans l’église de La Ciotat.