Le gradin, sur toute la largeur du transept, permet d’accéder au sanctuaire et au déambulatoire.
Composé d’un tombeau et d’un gradin, l’autel majeur est en marbre de Carrare. Il a été installé après la réception de la cathédrale, en 1896. Au tombeau, trois arcatures avec mosaïques à fond d’or, séparées par des pilastres et des chapiteaux en bronze doré. La décoration du gradin est identique.
Le ciborium enlace l’autel majeur. Il est composé de quatre colonnes identiques, de frontons et d’une coupole avec lanterne. Les colonnes sont en onyx de Tunisie. Elles reposent sur des piédestaux en marbre gris avec à leurs pieds des dauphins qui enserrent dans leur gueule un poisson, symbole du Christ, emprunté aux catacombes.
A l’entablement en pierre au dessus des quatre colonnes, on distingue une frise en bronze doré formée de palmettes avec émaux. Un chaînage porte lumière, lui aussi en bronze doré, joint les entablements. Au fronton, des mosaïques polychromes, des motifs symboliques, colombes etc. Une croix grecque, ajourée, surmonte le ciborium. Elle repose sur une coupole émaillée en bleu. L’intérieur est en mosaïques, avec un semis de lotus et une croix au centre. Le dessin de cet ensemble est de Revoil. Il a été exécuté, sous la direction de Errard, par Cantini et Galinier pour les marbres, Granoux pour les bronzes, et l’entreprise Musiva Venezianna pour les mosaïques.
Il est à noter que le ciborium a été reculé de quelques mètres, en 1931, à l’occasion de l’installation d’un nouvel orgue monumental.
Le sanctuaire est composé par l’ensemble du presbyterium : cathédrale, siège épiscopal, et stalles des chanoines et des prêtres autour de l’évêque. Le siège de l’évêque, en bois doré est un cadeau de l’empereur Napoléon III à Mgr Eugène de Mazenod, alors évêque de Marseille.